天启初年，努尔哈赤带兵攻占辽阳，李三才被举荐，然因为廷议不休而作罢。天启岁那年，启用为南京户部尚书，未到任而亡。

《明史李三才传》写：才才大而好用机权，善笼络朝士，抚淮十三年，结交遍天下。性不能持廉，以故为众所毁。其后击三才者，若邵辅忠、徐兆魁辈，咸以附魏忠贤，名丽逆案；而推毂三才者，若顾宪成、邹元标、赵南星、刘宗周，皆表表为时名臣，故世以三才为贤。

正如《明史》所记，李三才在历史上褒贬皆有，他到底是个好官还是一个坏官，争议不下。

明神宗万历帝，是明朝历史上有名的贪于享乐，不务政事的皇帝。在位之时，沉溺富贵温柔乡，长时间不上朝不理政事，致使朝政混乱。

万历二十七年，李三才以右佥都御史的身份总督漕运。在这个时间，看多了矿监税使大肆剥削百姓的事件。虽然后世人将这段时期的紊乱和百姓受到的灾害，都归咎于太监身上。但实际上太监背后，就是明神宗。

当时不是没有人上奏，但是明神宗都未曾理会，于是许多人就只能闭眼当作没看见。李三才面对这一情况，多次上疏，揭露太监利用征收矿税的名义，大肆勒索，为非作恶的罪行。万历三十年和三十一年，他又一再上疏反对矿税，并且提议修浚河渠、建筑水闸、防治水旱。

你说皇帝不知道是怎么回事儿吗？当然是知道的，但是这些都算是他默认了的。所以面对李三才的奏疏，明神宗选择留中不处理。李三才于是连连上疏，最后得罪了皇帝，后来差点被皇帝给罢官了。

除了针对矿监税使剥削百姓的问题之外，李三才还不怕死的，指出了皇帝的问题。他说：今阙政猥多，而陛下病源则在溺志货财。他毫不客气的指出，今天朝政混乱，在于奸臣甚多。而陛下，则错在大肆敛财。这样一个敢于直谏皇帝的人，算是奸臣吗？当然不算！但是凡事都有另一面。李三才的另一面，就在于他巨额财富上面。

据历史资料记载，李三才家产多达四百七十万两白银。而这么多银子，已经相当于天启年间朝廷一年的收入了。李三才本人工资有那么高吗？自然不可能，那么这些就都是灰色收入。

李三才当时总督漕运，掌握的是大运河的重要枢纽。这个位置相当于什么呢？相当于一个守门人。

有人要从大运河这儿过，要带点什么不好说的东西，都得经过李三才同意。同样的李三才也有权决定，这货物是好是坏。要致富先修路，李三才掌握大运河，简直就像是坐在聚宝盆中了。但凡是要过大运河的商人，不可能不讨好李三才。你说李三才还是个好官吗？不见得！

李三才倒是一个十分懂得做官的人，交际能力强，朝中有许多他的莫逆之交。在外为官的时候，也知道在百姓心中树立一个良好的形象，获得百姓的爱戴。

正因为这样，尽管他得罪了神宗和内阁首辅沈一贯，但是却一直都没有被罢官处置。因为一旦有些风吹草动，与李三才交好的顾宪成、邹元标等人就会站出来力挺李三才。所以李三才一直顺利的站在官场中，后来还是东林党与浙党官员发生党争，李三才才自请辞职的。